市场供需关系是导致股指期货基差差异的主要原因之一。当现货市场供不应求时，现货价格往往会高于期货价格，导致基差为正值。相反，当现货市场供过于求时，现货价格可能会低于期货价格，基差为负值。这种供需关系的变化通常受到宏观经济、行业政策、市场情绪等因素的影响。
持有成本也是影响股指期货基差差异的重要因素。持有成本包括仓储费用、保险费用、资金成本等。当期货合约距离交割日较远时，持有成本较高，这会导致期货价格高于现货价格，基差为正值。随着交割日的临近，持有成本逐渐降低，期货价格与现货价格趋近，基差缩小。
市场流动性不足也会导致股指期货基差差异。流动性差的期货合约往往具有较高的买卖价差，这会使得期货价格与现货价格之间的差异扩大。流动性差的期货市场可能存在信息不对称，投资者难以准确判断期货价格，从而导致基差波动较大。
不同交易所的交易制度差异也会导致股指期货基差差异。例如，一些交易所对交易时间、交易手数、保证金比例等有特殊规定，这些规定可能会影响期货价格的形成，进而影响基差。不同交易所的交割制度也可能导致基差差异，如交割品种、交割地点、交割方式等。
宏观经济因素是影响股指期货基差差异的长期因素。例如，经济增长、通货膨胀、货币政策、财政政策等都会对现货市场和期货市场产生影响。当宏观经济环境稳定时，基差波动较小；而当宏观经济环境发生变化时，基差波动可能会加大。
市场情绪和投机行为也是导致股指期货基差差异的重要原因。投资者对市场的预期和情绪波动会导致期货价格与现货价格之间的差异。投机行为也会加剧基差的波动，尤其是在市场流动性较差的情况下。
股指期货基差差异的原因是多方面的，包括市场供需关系、持有成本、市场流动性、交易制度差异、宏观经济因素以及市场情绪与投机行为等。投资者在参与股指期货交易时，应充分了解这些影响因素，以便更好地把握市场动态，制定合理的交易策略。